OPINI: 2 Virus Telah Bergabung

Foto ilustrasi. - reuters
04 April 2020 05:05 WIB Alexandre Hassanin Aspirasi Share :

Dalam jangka waktu beberapa pekan, kita tahu tentang Covid-19 dan virus yang menyebabkannya: SARS-CoV-2. Di luar sana juga banyak tersebar kabar miring dan walaupun banyak artikel ilmiah tentang virus ini bertambah, banyak yang tidak jelas tentang asal usulnya.

Dari spesies hewan mana virus ini berasal? Kelelawar, trenggiling, atau hewan liar lainnya? Dari mana daerah asalnya? Dari sebuah gua atau hutan di Provinsi Hubei, Tiongkok, atau di tempat lain?

Pada Desember 2019, 27 orang dari 41 orang pertama yang masuk rumah sakit (66%) melewati sebuah pasar yang berlokasi di jantung Kota Wuhan di Provinsi Hubei, Tiongkok. Menurut sebuah studi yang dilakukan di Wuhan Hospital, orang pertama yang teridentifikasi virus ini tidak sering pergi ke pasar tersebut.

Sebuah estimasi penanggalan molekular berdasarkan pada urutan genom SARS-CoV-2 mengindikasikan virus ini muncul pada November. Ini menimbulkan pertanyaan tentang hubungan antara pandemi Covid-19 dan hewan liar.

Genom SARS-CoV-2 secara cepat diurutkan para peneliti Tiongkok. Terdapat sekitar 30.000 basis molekul RNA yang memiliki 15 genus, termasuk genus S yang berisi sebuah protein yang terletak di permukaan luar virus yang viral (sebagai perbandingan, genom kita berbentuk sebuah spiral ganda DNA dengan basis ukuran tiga miliar dan memiliki sekitar 30.000 genus).

Analisis genomis komparatif telah menunjukkan SARS-CoV-2 berasal dari kelompok Betacoronaviruses dan sangat dekat dengan SARS-CoV, yang bertanggung jawab untuk sebuah pandemi pneumonia akut yang timbul pada November 2002 di Provinsi Guandong, Tiongkok, dan menyebar ke 29 negara pada 2003. Total 8.098 kasus tercatat, termasuk 774 kematian.

Kelelawar dari genus Rhinolophus (kemungkinan beberapa spesies gua) yang menimbulkan virus ini dan karnivora berjumlah sedikit, musang palem (Paguma larvata), kemungkinan menjadi hewan penghubung antara kelelawar dan kasus manusia yang pertama.

Sejak itu banyak Betacoronaviruses telah ditemukan, umumnya di kelelawar, tapi juga di manusia. Contohnya RaTG13, terbatas pada kelelawar dari spesies Rhinolophus affinis yang ditemukan di Provinsi Yunan, Tiongkok, akhir-akhir ini telah dianggap sangat mirip dengan SARS-CoV-2, dengan urutan genom yang mirip sampai 96%.

Hasil-hasil ini mengindikasikan kelelawar, khususnya spesies dari genus Rhinolophus, menjadi reservoir virus SARS-CoV dan SARS-CoV-2. Bagaimana kita mendefinisikan sebuah reservoir? Sebuah reservoir adalah satu atau beberapa spesies hewan yang tidak atau tidak terlalu sensitif kepada virus, yang akhirnya secara alami menjadi pembawa satu atau beberapa virus.

Tidak adanya gejala-gejala penyakit bisa dijelaskan dengan efektif daya tahan tubuh mereka, yang membuat mereka bisa melawan pertumbuhan virus yang terlalu banyak.

Rekombinasi
Pada 7 Februari 2020, kita mengetahui sebuah virus yang sangat mirip dengan SARS-CoV-2 telah ditemukan di trenggiling. Dengan laporan kecocokan genom 99%, ini berarti kemungkinan ada lebih banyak reservoir selain kelelawar.

Walaupun begitu, sebuah penelitian yang sedang berlangsung menunjukkan genom dari coronavirus yang terdapat di trenggiling Malaysia (Manis javanica) memiliki sedikit kesamaan dengan SARS-Cov-2, dengan hanya kecocokan genom 90%. Ini mengindikasikan virus yang terdapat di trenggiling tidak menyebabkan pandemi Covid-19 yang sedang menyebar cepat.

Walaupun begitu, coronavirus yang berasal dari trenggiling memiliki kesamaan 99% di sebuah wilayah spesifik untuk protein S, yang sesuai dengan 74 asam amino dalam Angiotensin Converting Enzyme 2 (ACE) reseptor pengikat domain, yang menyebabkan virus memasuki sel-sel manusia untuk menginfeksi mereka.

Sebaliknya, virus RaTG13 yang berasal dari kelelawar Rhinolophus affinis sangat berbeda di daerah yang spesifik (hanya memiliki kesamaan 77%). Ini berarti coronavirus diisolasi atau berasal dari trenggiling mampu memasuki sel-sel manusia, sedangkan coronavirus yang berasal dari kelelawar Rhinolophus affinis tidak mampu melakukan.

Ditambah lagi, pembandingan genomik ini menyebutkan virus SARS-Cov-2 dihasilkan dari sebuah rekombinasi antara dua spesies yang berbeda, satu dekat dengan RaTG13 dan yang lainnya dekat dengan virus dari trenggiling. Dalam kata lain, ini adalah gabungan antara dua virus yang telah ada.

Mekanisme rekombinasi ini telah ada di berbagai coronavirus, khususnya untuk menjelaskan asal usul SARS-CoV. Penting diketahui bahwa hasil-hasil rekombinasi dalam sebuah virus baru berpotensi menginfeksi sebuah wadah spesies yang baru. Agar rekombinasi terjadi, kedua virus yang berbeda harus menginfeksi organisme yang sama secara bersamaan.

Dua pertanyaan tetap tidak terjawab: di organisme mana rekombinasi ini terjadi? (Seekor kelelawar, trenggiling, atau spesies lain?) dan yang penting lagi, dalam kondisi seperti apa rekombinasi ini terjadi? (JIBI/Solopos/Naskah ini diambil dari theconversation.com dengan lisensi Creative Commons)

*Penulis merupakan Maitre de Conferences a Sorbonne Universite, Institut de Systématique, Evolution, Biodiversité Muséum national d’histoire naturelle